Bakı-İstanbul liseyində milli kurrikulum və beynəlxalq Cambridge proqramı üzrə 4 bölmədə (Azərbaycan, Türk, İngilis, Rus bölmələri) ibtidai siniflərin tədrisi həyata keçirilir. 1-4-cü siniflər üzrə şagirdlərə Ana dili, Riyaziyyat, İngilis dili, Rus dili, Həyat bilgisi və Məntiq fənləri tədris edilir. İbtidai siniflər üzrə tədris proqramı uşaqların fiziki, sosial, emosional və idrak inkişafı nəzərə alınaraq qurulmuşdur. Proqram həmçinin, şagirdlərin özünəinamını artırmaq, ünsiyyət bacarıqlarını təkmilləşdirmək, problem həll etmək və tənqidi düşünmə bacarıqlarını inkişaf etdirmək məqsədi daşıyır. Bu məqsədlə şagirdlər müxtəlif sosial layihələrə cəlb olunur, fiziki və məntiqi oyunların iştirakçısı olurlar. Bakı-İstanbul liseyində ibtidai siniflər üzrə Türk bölümü artıq 5-ci ildir fəaliyyət göstərir. Bu bölümün tədris proqramı Türkiyə Təhsil nazirliyinin müəyyən etdiyi “İlköğretim” proqramı əsasında həyata keçirilir. İstifadə edilən dərsliklər və dərs vəsaitləri mövcud proqram üzrə müəyyən edilmiş tədris materiallarıdır. İbtidai siniflərimizdə tədris ixtisaslaşmış müəllimlərimiz tərəfindən həyata keçirilir.